A principios de los años 1970, Duhalde junto a Rodolfo Ortega Peña comenzaron a actuar como abogados defensores en causas que involucraban a militantes del peronismo. Durante los años 1973 y 1974 ellos dirigieron la revista Militancia Peronista para la liberación, también conocida simplemente como Militancia.
Luego asumieron la defensa de militantes del Ejército Revolucionario del Pueblo (ERP) por el secuestro del gerente de la empresa automotriz Fiat, Oberdan Sallustro. En 1974 Ortega Peña fue asesinado por la Triple A.
En 1976, la dictadura militar argentina dispuso su captura y la incautación de sus bienes. Por este motivo decide exiliarse en España, desde donde organizó la Comisión Argentina de Derechos Humanos (CADHU) para denunciar el terrorismo de Estado en la Argentina.
Fue consultor de Derechos Humanos de las Naciones Unidas y es Profesor Consulto de la Facultad de Ciencias Sociales de la Universidad de Buenos Aires. También se desempeñó como profesor titular de materias de derecho, historia y política en diversas universidades argentinas y extranjeras.
Duhalde fue miembro de instituciones académicas argentinas y de América Latina y Europa, como de organismos de derechos humanos del país e internacionales.
En el plano internacional ha integrado diversas misiones de paz al África, y en América Latina a El Salvador, Chiapas (México), Nicaragua, Perú y Colombia, en sus zonas de conflicto.
