El 30 de agosto de 2010, mediante Acuerdo de Canje de Notas, las Repúblicas Argentina y Oriental del Uruguay definieron como uno de sus ejes estratégicos el Monitoreo Ambiental del río Uruguay, encomendando el desarrollo de dicha actividad a la Comisión Administradora del Río Uruguay (CARU).
El Plan de Monitoreo Integral se desarrolla en el río Uruguay a través de dos Subprogramas. El Subprograma 1 incluye el monitoreo de la calidad de las aguas, del sedimento y de la biota del río Uruguay en los 498 kilómetros del tramo compartido entre Uruguay y Argentina; a su vez, el Subprograma 2 comprende el monitoreo de los afluentes y descargas de establecimientos industriales, agrícolas y centros urbanos que realicen evacuaciones significativas al río Uruguay.
Las actividades de monitoreo se encuentran dirigidas técnicamente por un Comité Científico perteneciente a la CARU el que se integra con dos profesionales uruguayos y dos argentinos. Entre las actividades de monitoreo que desarrolla la CARU, en el período 2011 hasta el mes de julio de 2022 se han registrado 128 ingresos de control, toma de muestras y operación del instrumental para las determinaciones del sitio de los efluentes de la Planta Orión (UPM – ex Botnia), en la desembocadura del río Gualeguaychú en el río Uruguay y los monitoreos en el río Uruguay en las zonas de potencial influencia de los efluentes de la planta Orión (UPM – ex Botnia), y de potencial influencia de la desembocadura del Río Gualeguaychú. Para lo que resta del año 2022 (agosto a diciembre) se encuentran previstos cinco nuevos ingresos de control y toma de muestras. 
En la totalidad de los ingresos de control, el Comité Científico de la CARU acompaña a las autoridades de aplicación de cada país, las que son responsables de la toma de muestras y de la operación del instrumental para las determinaciones en sitio; dichas autoridades se tratan de la Dirección Nacional de Medio Ambiente (DINAMA) en el Uruguay, y la Secretaría de Ambiente de Entre Ríos (SAER) en Argentina.
Laboratorios
Además del laboratorio propio del Comité Científico de CARU ubicado en la ciudad de Fray Bentos, las muestras se analizan en otros laboratorios situados en las Repúblicas Argentina, Oriental del Uruguay y Canadá.
En Uruguay se tratan de los laboratorios de: 1) Universidad de la República (UDELAR), 2) Tecnológico del Uruguay (LATU).
En Argentina se trata de los laboratorios de: 1) Instituto Nacional del Agua (INA), 2) de Contaminantes Químicos del INTA; 3) Instituto Nacional de Limnología de la Universidad Nacional del Litoral; 4) de Físico - Químico de la Facultad de Bromatología de la Universidad Nacional de Entre Ríos, sede Gualeguaychú; 5) Instituto de Ecología y Desarrollo Sustentable (INEDES) de la Universidad Nacional de Luján.
Los análisis son remitidos, a su vez, y por último, a los laboratorios PacificRim, Element y Econtech de la República de Canadá.
Cronograma
Desarrollo del cronograma de las 79 actividades de control y monitoreo del Comité Científico de CARU previstas para el año 2022
