Al no ser beneficiado por la ley de Obediencia Debida dictada en 1987, se hallaba inculpado en cerca de 800 causas que lo vinculaban con crímenes cometidos durante el Terrorismo de Estado. En 1988 fue procesado por 47 casos de homicidio, 76 de tormentos, cuatro de ellos seguido de muerte y cuatro sustracciones de menores, pero la Corte Suprema lo desprocesó por la Ley de Punto Final.

En 1990, recibió el indulto del entonces presidente Carlos Menem y ocho años después, al reabrirse una causa por 30 fusilamientos y asesinatos de presos políticos cometidos en 1976, fue detenido por unos días por negarse a declarar, aunque pronto recuperó la libertad.

La justicia real llegó con la anulación de las leyes de impunidad y una sentencia en Córdoba, el 24 de julio de 2008, por los secuestros, torturas y asesinatos de miembros del Partido Revolucionario de los Trabajadores abatidos en un operativo montado por el Tercer Cuerpo en diciembre de 1977.

Un mes después, la justicia tucumana lo condenó junto a Antonio Domingo Bussi por la desaparición del ex senador provincial justicialista Guillermo Vargas Aignasse, hecho ocurrido el 24 de marzo de 1976.

La tercera condena la recibió a fines de 2009 en Córdoba, por el secuestro, tortura y asesinato del comisario Ricardo Albareda, además de los secuestros, tormentos y lesiones graves en perjuicio de otros perseguidos políticos.

El 18 de mayo de 2010, un tribunal tucumano volvió a condenarlo por los padecimientos de 22 personas en el centro clandestino de detención que funcionó en la ex Jefatura de Policía.

Ese año, en diciembre, la justicia cordobesa lo condenó por la muerte de 31 presos políticos alojados en la Unidad Penitenciaria San Martín de la ciudad de Córdoba, ocurridos en 1976 bajo el paraguas de la Ley de Fugas, además del secuestro y torturas en contra de un civil y cinco miembros del entonces Departamento de Informaciones Policiales (D2).

El 23 de marzo de 2011 fue condenado por la justicia tucumana por "homicidios doblemente agravados y violación de domicilio" en la causa Romero Niklison, en la que se investigaron cinco asesinatos.

Ese mismo año, en Salta, fue encontrado culpable del asesinato de once presos políticos en esa provincia en la causa conocida como "Palomitas II".

Tras la confirmación por parte de la Corte Suprema de Justicia de la condena a prisión perpetua que dictó en 2008 el Tribunal Oral Federal de Tucumán, Menéndez fue dado de baja del Ejército, lo cual implicó la pérdida de su rango en 2011.

En 2012, la justicia riojana falló contra Menéndez con la pena de prisión perpetua en cárcel común por los homicidios de los curas Carlos Murias y Gabriel Longueville, conocidos como los "Mártires de Chamical".

En 2013, el ex jefe del Tercer Cuerpo de Ejército fue condenado otra vez por la justicia riojana a 20 años de prisión, por los delitos de privación ilegítima de la libertad y aplicación de tormentos, ocurridos en 1977 cuando un grupo de docentes y agricultores fueron detenidos y torturados por personal de Gendarmería.

A fines de 2013, la justicia tucumana lo condenó a 12 años de prisión por la privación ilegítima de la libertad de Rita Ariza de Toledo y de su yerno -Jorge Ygel- en noviembre de 1977 y un año después, el 4 de julio, la justicia de La Rioja lo condenó a prisión perpetua en cárcel común por el asesinato del obispo Enrique Angelelli, asesinado el 4 de agosto de 1976.

La última condena fue el 30 de marzo de 2016, cuando la justicia de San Luis dictó la prisión perpetua por 29 hechos de privación abusiva y agravada de la libertad, 29 hechos de tormentos con privación de la libertad y 11 homicidios calificados, en la llamada "Causa 2470".